De HS3 bouwt voort op de succesvolle JTAG-HS1 door een open-drainbuffer toe te voegen aan pin 14, voor het debuggen van Xilinx Zynq-SOC-processoren. Wanneer de JTAG HS3 via een standaard USB-A-naar-micro-USB-kabel met een PC verbonden wordt ontvangt deze zijn voeding via USB en kan hij worden herkend als een Digilent-programmeringskabel, zelfs als de HS3 niet aan het doelboard is bevestigd. De JTAG-bus kan worden gedeeld met andere apparaten omdat de signalen van de HS3 in hoge impedantie worden gehouden, behalve wanneer deze actief aangedreven wordt tijdens programmering. De HS3 is klein en licht zodat de systeemplaatconnector deze stevig op zijn plaats kan houden.